C 1844 младший библиотекарь, с июля 1846 до июня 1851 библиотекарь, заведующий отделением рукописей, первопечатных книг и русской библиотекарь, исполнял обязанности заведующего РМ во время его отпуска. Совмещал работу в музее с преподавательской деятельностью.

В 1846 выделил в отдельную коллекцию из иностранного фонда и описал инкунабулы РМ. Тогда же составил их краткий карточный каталог, затем аннотированный рукописный каталог, работу над которым закончил 30 апреля 1851. В 1848 закончил список рукописей музея, относящихся к царствованию Михаила Фёдоровича, в 1858 — указатель к печатному каталогу рукописей.

Автор книги «Материалы для исторического описания Румянцевского музеума», завершённой в 1848, но увидевшей свет только в 1882 и представляющей собой исторический очерк о музее, его коллекциях и выдающихся экспонатах.

В.Ф.Одоевский, подчёркивая его особые заслуги, писал, что Кёстнер «до утверждения своего в должности библиотекаря 5 месяцев безвозмездно участвовал в работах по пересмотру и устройству Музеума; а во время службы библиотекарем, сверх текущих дел по дежурствам и исправлению каталогов, по поручению Начальства привёл в порядок бумаги, оставшиеся после Графа Николая Петровича Румянцева».